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转录组学的定义是指一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科 。
详细释义：
转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。转录组即一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段 。以DNA为模板合成RNA的转录过程是基因表达的第一步 ，也是基因表达调控的关键环节 。
所谓基因表达 ，是指基因携带的遗传信息转变为可辨别的表型的整个过程。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定 。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下 ，其基因表达情况是不完全相同的 。
通常 ，同一种组织表达几乎相同的一套基因以区别于其他组织，如脑组织或心肌组织等分别只表达全部基因中不同的30%而显示出组织的特异性。
转录组测的分类：
1、高丰度mRNA组分 。通常由每个细胞里不到100种的mRNA而每种mRNA分子由1000-10,000份备份所组成 ，通常占总mRNA的50%左右 。
2 、除高丰度mRNA组分外 ，另一半mRNA由长约10,000nt的种类繁多的序列所组成，每种序列在mRNA中只有少量备份。称为“稀有mRNA ”或“复杂mRNA ”。
测量转录组的技术及意义：
测量转录组的技术：
目前所有测量转录组的技术都需要将RNA逆转录成互补DNA（cDNA）进行测序 。微阵列是以往研究实验室中最常用的技术，微阵列上附着着色标记的cDNA ，洗过的样本被带有DNA序列的小片固体表面（如显微镜载片）吸附；cDNA与载片上任何互补链结合 。
转录组学的意义：
理解转录组对于解释基因组的功能元素 、揭示细胞和组织的分子组成以及了解发育和疾病非常重要。
通过收集和比较不同类型细胞的转录组 ，研究人员可以更深入地了解特定细胞类型的组成、该类型细胞的正常功能，以及基因活性正常水平的变化可能如何反映或导致疾病 。
转录组测序比对到参考基因组与参考基因有何区别
分析转录组学中的gene：转录组测序可以得到大量差异表达基因和调控代谢通路 ，但由于基因与表型难以直接关联 ，导致关键信号通路难以确定，因此往往达不到预期研究目的 。
代谢物是基因型与表型之间的桥梁 ，代谢物的变化更能直接揭示基因的功能 ，因此能够更有效地揭示生物学及其生化 、分子机理。在植物研究中，目前代谢组+转录组的策略已经被广泛运用于植物生理 、生长发育、及逆境胁迫研究中 。
与基因组不同的是
转录组的定义中包含了时间和空间的限定 。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下 ，其基因表达情况是不完全相同的。通常 ，同一种组织表达几乎相同的一套基因以区别于其他组织，如脑组织或心肌组织等分别只表达全部基因中不同的30%而显示出组织的特异性 。
转录组测序是RNA水平测序 ，相当于DNA水平的基因组测序 ，是一个框架 。表达谱主要研究的是基因表达量的变化，上调或下降。先要有转录组或是基因组才可以做表达谱，否则没有Ref做参考 。 转录组测序和表达谱其实都是通过高通量测序技术进行的 ，转录组测序主要是针对没有参考基因组（即基因组未完成测序）的物种 ，侧重于获得你材料的全部转录组信息；而表达谱则侧重于检测各个基因的表达量 。
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