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转基因的危害主要是其潜在的对于生态系统的破坏 。事实上我认为转基因技术是人体面向遥远的未来所必需的技术。近来随着科学的发展，事实上人类的进化已经放慢了 ，因为自然选择对人类的影响越来越小 ，没剖宫产前，骨盆不够大的女性会由于难产而死亡 ，这很残忍 ，但是另一方面也迫使着人类妇女的骨盆越来越大，而有利于生产 ，剖宫产以后这种自然选择就停止了。在医疗技术不发达的时候 ，感染了某些细菌或病毒的人会死亡，这也很残酷 ，但是这也促使了有抵抗力的人群活下来 ，从而使人类整个族群的抵抗力上升，而现在随着医学的进步 ，各种疾病被功课 ，很多本来应该死的人活了下来，传下了后代，又减慢了人类的进化 ，当然我不是说这样不好 。但是当自然选择对人类的影响越来越微弱的时候 ，如果整个人类想要得到进化，想要获得更强壮的身体 ，更睿智的大脑 ，就只有靠科技了，基因改造这是人类未来进化的必然之路 。某种意义上来说 ，转基因确实能够让作物表现出更好的性状。但是在改变了性状的同时 ，人类并不能完全保证在修改基因的稳定性 。举个例子：癌细胞是人自身细胞基因突变而产生的 。也就是说，人类细胞里面有一段基因是正常的 ，但是十分不稳定 ，一旦受到辐射、化学等等刺激，就会突变成癌基因 ，细胞变成癌细胞。而这段基因在没有突变前是人类必不可少的基因 ，没了它人不能活 。同样的，我们制作的转基因的稳定性如何呢？答案是：未知 。
基因改造食物就是转基因食物，通过不同生物之间基因的重新组合 ，创造出一种新的人造生物 ，或者通过不同生物之间的重新组合，改变原有生物的自然特性 ，使其成为一种半人造生物。
改造后的生物会拥有一些天然生物所没有的优点 ，比如抗虫害等 。危害已经在有些首先尝试转基因技术的国家出现了 。
一 、转基因食品的危害。苏格兰ROWETT研究所的puszta教授公开宣称食用了转基因土豆的小白鼠肾脏 、胸腺和脾脏生长异常或萎缩或生长不当，脑部萎缩 ，多个重要器官也遭到破坏 ，免疫系统变弱 。德国黑森州北部的农民从1997年开始试种先正达公司的BT-176玉米，并用作奶牛的补充饲料 ，2000年提高玉米在饲料的比例后 ，所有的牛都死了 。2006年俄罗斯科学院高级神经活动和神经生理研究所科学家伊琳娜艾尔马科娃博士研究发现，食用转基因大豆食物的老鼠 ，其幼鼠一半以上在出生后头三个星期死亡 ，是没有食用的老鼠死亡率的6倍。
二、危害环境
转基因作物种植给相邻植物带来灭顶之灾，同时对原来生物造成种子污染，常规种子原有性状将不能复原。我国西南种植的转基因速生桉树 ，导致周边植物因水分养分被抢而灭绝 。
三、转基因产业的阴谋
外国的转基因技术和专利 ，以技术和资本输出形式在目标国发展转基因产业，从而达到控制目标国转基因产业政策 、转基因产业以及种族体质的目的 。
世界上多数国家反对转基因农作物和视频。美国所种植的转基因和大豆在美国本土主要用于动物饲料和生产酒精燃料 。法国 、德国、希腊 、匈牙利 、卢森堡、奥地利禁止种植转基因作物 。日本仅批准了转基因康乃馨的种植。
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